《狙击手：幽灵战士》的故事发生在一个叫做Isla Trueno的南美小岛上。岛上的Vasquez将军率领其军队推翻了当地民主政府，试图控制整个小道。而玩家作为隐蔽突击队的一员，需要潜入敌军的大本营，一举推翻这个不合法的政府。