《命令与征服：终极版》故事描述强大的苏俄军队节节败退，盟军准备一举攻入克里姆林宫，库可夫将军以及查丹科上校决心孤注一掷，使用了未经测试的秘密武器：俄军时空机器……结果，他们改写了历史，在总理查丹科的领导下，让盟军濒临战败边缘，但他们却意外发现，昇阳帝国悄悄地坐大，神圣的天皇芳朗选择在此时刻发动攻击。